تم إنشاء أول برنامج ماجستير في الجامعة في التربية في العام الدراسي 1976/1977، وكان هذا أول برنامج ماجستير في فلسطين.

وقد توقف العمل على تطوير برامج الدراسات العليا خلال سنوات إغلاق الجامعة أثناء الانتفاضة.

وجرى التخطيط من جديد بعد انتهاء الإغلاق في عام 1991 لتطوير برامج دراسات عليا في عدة حقول.

وفي العام 1994/1995 تم فتح باب القبول في برنامجي الماجستير في التربية والدراسات الدولية.

وفي السنوات اللاحقة، تم استحداث برامج ماجستير جديدة في القانون، والدراسات العربية المعاصرة، وهندسة المياه وعلوم وتكنولوجيا المياه، وعلم الاجتماع، والاقتصاد، والصحة العامة والمجتمعية، والمرأة والقانون والتنمية، والتاريخ العربي- الإسلامي، والديمقراطية وحقوق الإنسان، وإدارة الأعمال، والحوسبة العلمية، والاحصاء التطبيقي، والعلوم الطبية المخبرية، وهندسة التخطيط والتصميم العمراني، وفي دراسات النوع الاجتماعي والتنمية (المرأة والقانون والتنمية سابقاً)، ودبلوم عال في الرعاية الصحية الأولية.

هذا بالإضافة إلى برامج ماجستير حديثة في الجغرافيا والرياضيات والفيزياء والكيمياء التطبيقية.

وتقوم الجامعة بالتنسيق بشكل مستمر مع وزارة التعليم العالي في سياق تطوير برنامج الدراسات العليا، وتقدم طلب ترخيص لكل برنامج جديد يتم استحداثه في الجامعة.

كما تسعى الجامعة بشكل مستمر لتوفير البنية التحتية اللازمة للبرامج من حيث الكادر المتميز، والمكتبات الفرعية والمتخصصة لاستخدام الطلبة والمدرسين، بالاضافة الى توفير أحدث تقنيات وتكنولوجيا العصر في المجالات المختلفة.

وقد تم إقرار إعادة تنظيم البنية الإدارية للدراسات العليا ابتداء من العام الدراسي 2005/2006 بحيث ينظم عدد من برامج الماجستير في كليات الجامعة المختلفة، مع إبقاء برامج أخرى في إطار كلية الدراسات العليا.