يقدم معهد الدراسات البيئية والمائية برنامجان دراسيان يؤديان إلى درجتي ماجستير، الأولى في هندسة المياه والبيئة، حيث يقبل في البرنامج حاملو درجة البكالوريوس في تخصصات الهندسة المحددة أدناه، والثانية في علوم المياه والبيئة، حيث يقبل في البرامج حاملو درجة البكالوريوس في العلوم الطبيعية، او الزراعية.

إن الهدف من البرنامجين هو تحقيق أمال وتطلعات العديد من طالبي العلم في مجالي هندسة وعلوم المياه والبيئة لرفد المجتمع الفلسطيني بكوادر هندسية وعلمية للمساهمة بحل بعض المشاكل البيئية والمائية، وللعمل في التخطيط والتصميم والتنفيذ لبرامج ومشاريع بيئية ومائية.

1. للطلبة الراغبين في الالتحاق ببرنامج هندسة المياه والبيئة: أن يكون تخصص البكالوريوس في الهندسة المدنية، أو الكيميائية، أو الميكانيكية، أما للطلبة الراغبين في الالتحاق ببرنامج علوم المياه والبيئة:أن يكون تخصص البكالوريوس في العلوم الطبيعية (الكيمياء، أو العلوم الحياتية، أو علوم الأرض والبيئة) أو الزراعية، أو في أي تخصص آخر له علاقة مباشره بهندسة وعلوم المياه والبيئة، ويراه مجلس المعهد مناسباً.

2. يحق لمجلس المعهد أن يجري مقابلات شخصية لتقييم المتقدمين في بعض الحالات، كما يحق للمجلس تحديد مساقات استدراكية لأي طالب يتم قبوله في أي من البرنامجين حسبما تقتضيها الضرورة.

إتمام ما لا يقل عن 36 ساعة معتمدة موزعة.